رغم توافق مواقفه السياسية مع الإخوان المسلمين وتملقه للجماعة من خلال الهجوم على النظام الحالي واتهامه بأنه «غير شرعي» بدعوى أنه لم يأتي عن طريق صناديق الاقتراع، وخروجه بوجهه على موقع التواصل الاجتماعى «تويتر» بعد وقوع أى حادث يتعرض له أعضاء جماعة الإخوان، منددا وشاجبا، ومهاجما القوات المسلحة، والأجهزة السيادية ، إلا أن ذلك لم يشفع لـ محمد البرادعى من هجوم بعض عناصر تنظيم الجماعة الإخوانية عليه خلال كلمته بأحد المؤتمرات التي نظمتها جمعيات بريطانية في العاصمة البريطانية لندن.
وتصادف وجود البرادعي مع حضور عناصر وأنصار من جماعة الإخوان الإرهابية، في أحد المؤتمرات، وخلال محاولته إلقاء كلمة في المؤتمر نشبت مشادات كلامية منعته من استكمال حديثه، حتى تدخل منظمو المؤتمر في محاولة لاحتواء الموقف.
ويعد هذا استمرارا لمنهج الإخوان فى الانقلاب على حلفائهم، والاستغناء عن خدماتهم بعد انتهاء مصلحتهم ،فمنذ تولى ترامب مقاليد السلطة بالولايات المتحدة الأمريكية وخسارة حليفاتهم هيلارى كلينتون الإنتخابات الأمريكية أحدث هذا صدمة و إرتباكاً شديدا فى ما كانت تخطط له الجماعة ، ولجأت الجماعة إلى الخيار الأخر بعيدا عن العنف وهو خيار الدولة والدفع بمرشح مدنى بانتخابات الرئاسة القادمة لانتزاع السلطة بشكل سلمى حفاظا على مصر وهو ما لم يكن ضمن مخططات الجماعة .