وجة الجهاز المركزي للمحاسبات عدة ملاحظات شديدة للجمعية العامة لمصر للطيران تنطوي علي مخالفات وعلي آثار ذلك اصدر الطيار رشدي زكريا قرار بتشكيل لجنة برئاسة المستشار القانوني للشركة لفحص تقرير الجهاز.
وانتهي رأي اللجنة بضرورة إحالة التقرير إلى جهات التحقيق بالدولة وتم عرض الموضوع علي مجلس ادارة الشركة الذي أيد قرار اللجنة.
وقد أشار الجهاز المركزي في ملاحظاتة علي وجود عدة مخالفات حيث قامت شركة مصر للطيران بإبرام عقد مع احدي شركات التأجير لإيجار طائرات بوونج ٧٧٧عام ٢٠٠٧بقيم مرتفعة عن القيم الفعلية مما كبد الشركة أموالًا كثيرة.
وفي عام ٢٠١٤تم الاتفاق مع بيت خبرة اجنبي لتعثر الشركة ولرسم خطط مستقبلية للشركة وكلف الشركة مبلغ ٤.٤مليون دولار ولم يتم تنفيذ ما جاء يبرز نتائج بيت الخبرة الا في أشياء قليلة.